В начале X века в Ифрикии утвердилась шиитская исмаилитская династия Фатимидов.
В XI — XII вв. в западные районы Магриба вторглись берберские кочевники Альморавиды и Альмохады. Их правление привело к так называемой бедуинизации и депопуляции Северной Африки, упадку ее земледельческой и городской культуры.
В XIII в. на обломках державы Альмохадов возникли государства Хафсидов — в Тунисе, Зайанидов — в Западном Алжире и Маринидов — в Марокко.
Минарет мечеть Кутбийя. XII в., Марракеш
На рубеже XV — XVI вв. серьезной военной и политической силой стали турки-османы, верховную власть которых постепенно признали Алжир, Тунис и Ливия.
После великих географических открытий (середина XV — середина XVII вв.) в регионе появились европейцы (португальцы и испанцы). Политическому влиянию европейских держав сопротивлялись династии Са’дидов, позже Алауидов — в Марокко, Хусайнидов — в Тунисе, Караманлы — в Ливии.
В XIX в. за политическое господство в регионе активно соперничают Франция, Испания, Италия, Великобритании, позже — Германия и США. В результате Франция в 1881 г. устанавливает колониальное управление в Алжире, а в 1883 г. оформляет протекторат над Тунисом.
Политическое и военное вмешательство европейцев вызывает протест местного населения. Борьбу против иностранного господства возглавляют эмиры кочевых племен и марабуты (деятели мусульманских религиозных братств). Во главе антифранцузского движения в Центральном Судане и сопротивления итальянскому вторжению в Ливии стояли Сенуситы (Сенусийа — мусульманский орден, основанный в 30-х годах XIX в.).
