В Юго-Восточной Азии мусульманские общины стали появляться в торговых пунктах вдоль Малаккского пролива, прежде всего на Северной Суматре. С конца XIII в. в приморских областях, тесно связанных с мусульманской Индией и арабо-персидским миром, началось распространение ислама, к XVII в. постепенно вытеснившего в регионе индуизм и буддизм.
В Нусантаре (островной части ЮВА) в XIII-XIV вв. сложились три основные модели организации общества: яванская (империя Маджапахит и сменивший ее исламский Матарам Поздний); малайско-суматранская (мусульманские государства Малаккского полуострова и Суматры); филиппинская, развивавшаяся в условиях ранней колониальной зависимости. На рубеже XV-XVI вв. на северном Калимантане сложился мусульманский султанат Бруней.
В XV в. государство Маджапахит долгое время боролось с коалицией мусульманских княжеств северного побережья (Демак, Гресик, Сурабайя и др.), но потерпело поражение. Маджапахитская знать эмигрировала на Бали. С Маджапахитом кончилась эпоха «индианизированных» государств.
На небольших островах близ о. Хальмахера возникли мусульманские султанаты Тидоре и Тернате с папуасоязычным населением, подчинившие богатые пряностями острова Восточной Индонезии. На Южных Филиппинах сложился султанат Сулу.
