«Министерство» Ф.А. Головина приходится на канун и начальный период Северной войны. Среди приближенных Петра в этот период он занимал первое место. Это обстоятельство и определило его назначение на должность руководителя Посольского приказа. Его вступление в должность совпало с активизацией внешней политики России. Главной задачей нового «министерства» было обеспечить дипломатическую сторону надвигающейся войны за выход к Балтийскому морю. Одним из важнейших условий было заключение мирного договора с Турцией. Для этой цели в апреле 1699 г. в Турцию отправились чрезвычайные посланники Е. Украинцев и И. Чередеев. Вскоре после этого в Москву прибыло посольство шведского короля Карла XII для подтверждения условий Кардиского договора. Одновременно в селе Преображенском в глубокой тайне Ф.А. Головин и сам Петр I вели переговоры с саксонскими и датскими посланниками о создании союза против Швеции. 11 ноября 1699 г. между ними был заключен договор о совместных наступательных действиях против Швеции. Таким образом было положено начало Северной войны. 8 августа 1700 г. Петр получил извести из Турции о подписании Константинопольского мирного договора, а 9 августа он двинул свои войска к шведской границе. Еще до вступления России в войну, из Северного союза вышла Дания. Ее король Фредерик IV был принужден Карлом XII к подписанию Травендальского мирного договора. При Головине были созданы постоянные дипломатические миссии за границей. В 1699 г. в Голландию в качестве постоянного представителя был направлен А.А. Матвеев . В ноябре 1700 г. постоянным послом в Турцию был назначен П.А. Толстой. В 1706 г. распался Северный союз после подписания сепаратного мира (Альтранштедский мир) между Польшей и Швецией. Россия вынуждены была продолжать войну против Швеции в условиях дипломатической изоляции.
