1568 год. 8 ноября митрополит Филипп (Колычев) был лишен сана и отправлен в заточение. Филипп открыто выступил против жестокостей опричнины, поощряемой  Иваном IV.

«Июля 28-го, по случаю праздника в Новодевичьем монастыре митрополит там священнодействовал. Туда же прибыл на праздник по утвердившемуся обычаю и царь со всеми боярами и опричниками. В то время, когда Филипп, совершая крестный ход вокруг обители, достиг святых ворот и хотел читать Евангелие, он увидел, обратившись к народу, что один опричник стоит в тафье, и сказал государю: "Чтение слова Божия следует слушать христианам с непокровенною главою, а эти откуда взяли агарянский обычай предстоять здесь с покрытыми главами?" "Кто такой?" - спросил Иоанн и, взглянув вокруг, не увидел никого в тафье, потому что виновный успел уже снять ее. Царю сказали, что митрополит говорит неправду, издеваясь над его царскою державою. Иоанн вышел из себя, всенародно поносил святителя и называл лжецом, мятежником и злодеем.

После этого царь принял твердое намерение низложить Филиппа. Но, чтобы не возмутить народа, который весьма чтил своего архипастыря, задумал прежде обвинить его в каких-либо преступлениях. А как вся жизнь Филиппа в Москве сияла одними только добродетелями, то не счел недостойным отправить особую депутацию в Соловки для расследования его тамошней жизни. Во главе депутации находились клевреты царские: Суздальский епископ Пафнутий, андрониковский архимандрит Феодосий и князь Василий Темкин. Они употребили все: и ласки, и угрозы, и дары, и обещания почестей, чтобы найти между иноками лжесвидетелей на митрополита, и действительно некоторых увлекли, и в числе их самого игумена Паисия, которому обещали епископский сан. А добрых старцев, говоривших только истину о Филиппе и прославлявших его непорочную жизнь в монастыре, били и не хотели слушать. Записав клеветы и взяв с собою клеветников, царские послы возвратились в Москву. Немедленно открыт был Собор в присутствии самого государя и бояр для суда над митрополитом. Призвали обвиняемого, выслушали обвинения на него, Паисий и его сообщники старались подтверждать свои клеветы. Первосвятитель не думал оправдываться, а сказал только Паисию: "Чадо, что сеешь, то и пожнешь". Затем, обратившись к царю и всему Собору, объявил, что вовсе не боится смерти, что лучше умереть невинным мучеником, нежели в сане митрополита безмолвно терпеть ужасы и беззакония несчастного времени, и тут же начал слагать с себя все знаки своего сана. Но царь велел остановиться и ждать судебного приговора. Ноября 8-го, в день архистратига Михаила, когда святой Филипп священнодействовал в своей кафедральной церкви, вдруг явился туда любимец царский боярин Басманов, сопровождаемый опричниками. Он приказал прочитать вслух всего народа соборный приговор о низложении митрополита. И тотчас бросились на него опричники, совлекли с него святительское облачение, одели его в простую и разодранную монашескую одежду, с позором выгнали из церкви и, посадив на дровни, отвезли в Богоявленский монастырь. Не довольствуясь этим, Иоанн хотел еще осудить святого старца на сожжение, так как его обвиняли, между прочим, в волшебстве. Но по ходатайству духовных властей согласился оставить ему жизнь. Целую неделю просидел страдалец в смрадной темнице, отягченный тяжелыми оковами и томимый голодом. Потом был перевезен в монастырь святого чудотворца Николая, так называемый Старый. Царь прислал к нему сюда отрубленную голову одного из любимых его родственников. Святитель поклонился пред нею до земли, благословил ее, с любовию облобызал и отдал принесшему. Наконец по воле царя Филипп был удален из Москвы и сослан на заточение в тверской Отроч монастырь.

Спустя около года Иоанн, путешествуя в Новгород для лютых казней, когда приближался к Твери, вспомнил о Филиппе и послал к нему одного из своих приближенных, Малюту Скуратова, будто бы попросить благословения на путь. И этот. злодей, вошедши в келью страдальца и беседуя с ним наедине, задушил его подушкою (23 декабря 1569 г.), а потом сказал настоятелю и приставникам, что митрополит умер по их небрежности "от неуставнаго зною келейнаго". Скоро Иоанн сознал свою несправедливость против святого мужа и излил свой гнев на Соловецкую обитель за оклеветание его. Игумен Паисий был заточен в Валаамский монастырь, монах Зосима и еще десять иноков, тоже клеветавших на святого Филиппа, были разосланы по разным монастырям».